面对泡沫经济破裂及日元升值带来的经济下行压力，岛津制定经营资源向生物等高速成长领域集中的发展战略，并于2001年设立生命科学研究所，为该战略落地提供技术支撑。次年，该研究所主任田中耕一凭借研发的基质辅助激光解吸电离技术——一项适用于生物大分子的质谱分析技术，斩获诺贝尔化学奖，成为这一阶段技术突破的重要里程碑。